দ্বিতীয় দফা দ্বিতীয় দফায় এইমসের মতো আরও দু’টি প্রতিষ্ঠান তৈরির অনুমোদন দিয়েছে সরকার। এই দু’টি হল পশ্চিমবঙ্গে এবং উত্তরপ্রদেশে। এর পাশাপাশি যে ছ’টি মেডিক্যাল কলেজের মানোন্নয়ন ঘটানো হবে সেগুলি হল: গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, অমৃতসর, পঞ্জাব গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, টান্ডা, হিমাচলপ্রদেশ গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, মাদুরাই, তামিলনাড়ু গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, নাগপুর, মহারাষ্ট্র জহওরলাল নেহরু মেডিক্যাল কলেজ অফ আলিগড় মুসলিম ইউনিভার্সিটি পণ্ডিত বিডি শর্মা পোস্ট গ্র্যাজুয়েট ইনস্টিটিউট অফ মেডিক্যাল সায়েন্সেস, রোহতক এইমসের ধাঁচের প্রতিটি প্রতিষ্ঠানের সম্ভাব্য খরচ ধরা হয়েছে ৮২৩ কোটি টাকা। অন্য ছ’টি মেডিক্যাল কলেজের মানোন্নয়নে প্রতিটির জন্য ১২৫ কেটি টাকা দেবে কেন্দ্র। তৃতীয় দফা তৃতীয় দফায় নিম্নলিখিত মেডিক্যাল কলেজগুলির মানোন্নয়ন করা হবে : গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, ঝাঁসি, উত্তরপ্রদেশ গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, রেওয়া, মধ্যপ্রদেশ গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, গোরখপুর, উত্তরপ্রদেশ গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, দ্বারভাঙা, বিহার গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, কোঝিকোড়, কেরল বিজয়নগর ইনস্টিটিউট অফ মেডিক্যাল সায়েন্স, বেলারি, কর্ণাটক গভর্নমেন্ট মেডিক্যাল কলেজ, মুজফফরপুর, বিহার এই মেডিক্যাল কলেজগুলির মানোন্নয়ন প্রকল্পের খরচ হিসাবে প্রতিটার জন্য ১৫০ কোটি টাকা ধরা হয়েছে। এর মধ্যে ১২৫ কোটি দেবে কেন্দ্র, বাকি ২৫ কোটি দেবে রাজ্য। সূত্র : Website of PMSSY